Le motif de la croix blanche sur fond bleu a été utilisé pour la première fois en 1807, lorsque l'higoumène du monastère Evanguelistria à Skiathos a fait prêter serment au général Theódoros Kolokotrónis sur ce drapeau. Le décret de mars 1822 a établi trois drapeaux, un pour les forces terrestres, un pour la marine militaire et un pour la marine marchande. Le drapeau des forces terrestres a été adopté en 1833 lors de la création du royaume de Grèce, tandis que le drapeau maritime est devenu le seul drapeau national en 1969.La croix sur le drapeau symbolise la foi chrétienne et la victoire sur l'occupant. Les neuf bandes horizontales seraient un rappel des neuf syllabes de la devise grecque "Eleuthería í thánatos", qui signifie "la liberté ou la mort". Les cinq bandes bleues pourraient représenter les cinq mers qui entourent la Grèce, tandis que les bandes blanches rappellent les fustanelles blanches des combattants.